אחד מהאזכורים המוקדמים ביותר לאגוז הקוקוס נמצא בסיפורי אלף לילה ולילה של סינבד המלח. מסופר כי סינבד רכש ומכר קוקוסים במהלך המסע החמישי שלו. כינויים נוספים של הקוקוס בשפות טרופיות מוכרים עוד מראשית המאה ה-16, והכינוי הערבי – "אגוז הינדי", מוכר כבר משנת 1280. אזכור מוקדם אף יותר נעשה על ידי קוסמו מאלכסנדריה בשנת 545.
אבל מדוע ניתן לאגוז הזה, שמבחינה בוטנית כלל אינו אגוז אלא בית גלעין, השם קוקוס? יש מספר גירסאות וקשה להכריע ביניהן.
לפי גירסא אחת, המילה "קוף" בפורטוגזית היא מקור השם. הפורטוגזים, עם הגעתם להודו, היו האירופאים הראשונים אשר מצאו את הקוקוס. מדוע קוף? מכיוון שכאשר מסתכלים על הקוקוס מקרוב, הקליפה הקשה ושלוש העיניים מזכירות פנים של קוף. בפורטוגזית, קוף הוא "מקאקו", ונהוג לקצר זאת ל"קוקו".
לפי גירסא אחרת, מקור השם הוא אמנם באותו מונח פורטוגזי וספרדי – "קוקו", אבל הכוונה היא למשמעות אחרת של המונח – "פנים מחייכות". הסיבה לכך היא המראה דמוי הפנים של הקליפה בעלת שלוש העיניים.
גירסא נוספת טוענת כי המלחים הפורטוגזים הראשונים אשר הביאו עימם את הקוקוס לאירופה בספינות, סברו כי הקוקוס מזכיר צורה של רוח רפאים. בפולקלור הפורטוגזי רוחות כאלו מכונות "קוקו" או "קוקה", ומכאן מקור השם.
קיימת עוד גירסא מעניינת, לפיה השם הלטיני של המין אליו משתייך עץ דקל הקוקוס – nucifera, משמעו "מניב/נושא אגוזים". בארצות שונות כגון תאילנד, נהוג להשתמש בקופים על מנת לאסוף את אגוזי הקוקוס מהקרקע, ואפילו קיימים בדרום המדינה בתי ספר מיוחדים לאימון קופים למטרה זו. כלומר, שוב הקשר לקופים הוא זה שקבע את השם.